実際どっちも行っていないので、はっきりどちらが良いかは断言できませんが、おそらく行ってる人もそうかもしれませんが、どちらでも音楽は学べるかと思います。

一般人の感覚としては、目的によって違うかもしれません。専門学校は名前の通り、エレクトーンやその他音楽を専門的に習う感じかと思いますし、 大学は4年制であれば学士という資格を取得するので、音楽以外の単位(?)も必要かもしれません。

学校に通う期間も専門学校によりますが、4年制大学では4年ですし、専門学校なら2-3年ではないでしょうか。

学校説明会とかに行ってその学校の得意な部分を見極め比較することをおすすめします。